El 28 de enero de 2021, el senado de la Universidad del Cardenal Stefan Wyszyński de Varsovia eligió al profesor Henryk Skarżyński para la posición de presidente. El nuevo Consejo Universitario funciona desde el 1 de enero de 2021.

El Consejo Universitario es un órgano de la universidad pública, que consta de 6 u 8 personas designadas por el Senado, con la norma de que al menos la mitad de personas deben ser ajenas a la comunidad universitaria. Obligatorioamente en el consejo universitario se debe incluir al presidente del gobierno estudiantil. El resto de componentes nombrados al Consejo de Científicos de la Universidad del Cardenal Stefan Wyszyński de Varsoviafueron: el doctor Jan Cieciuch, profesor y  director del Instituto de Psicología de la Facultad de Filosofía Cristiana de la Universidad del Cardenal Stefan Wyszyński de Varsovia; el profesor Waldemar Cisło, profesor de teología fundamental en la Facultad de Teología de la Universidad del Cardenal Stefan Wyszyński de Varsovia; el doctor Piotr Jednaszewski, asesor de la Universidad de St Andrews; Tomasz Mankiewicz, el canciller de la de la Universidad del Cardenal Stefan Wyszyński de Varsovia; el obispo Witold Mroziewski, obispo auxiliar de Brooklyn en los Estados Unidos de América; y Ewa Staruch, estudiante de pedagogía y periodismo en la Universidad del Cardenal Stefan Wyszyński de Varsovia.

Las tareas del Consejo Universitario incluyen: opinar sobre el proyecto de estrategia y el estatuto de la universidad, monitorear la gestión financiera de la universidad, seleccionar candidatos para el rector o opinar sobre el informe de implementación de la estrategia de la universidad.

Vale la pena agregar que la UKSW no es la primera universidad que cuenta con el apoyo del prof. H. Skarżyński, porque en 2020 fue el presidente del primer Consejo de la Universidad de la Academia de Educación Especial de M. Grzegorzewska.