• Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski dla prof. H. Skarżyńskiego

• Nagroda zespołowa I stopnia Ministra Zdrowia za szczególne osiągnięcia w dziedzinie ochrony zdrowia, w tym za opracowanie i wdrożenie „Programu implantów słuchowych wszczepianych do pnia mózgu w Polsce” dla prof. H. Skarżyńskiego i zespołu, Warszawa

• I  Nagroda Prezesa Rady Ministrów za wybitne krajowe osiągnięcie naukowo-techniczne dla prof. H. Skarżyńskiego i prof. A. Czyżewskiego, Warszawa

• Wyróżnienie dla Systemu Powszechnych Badań Słuchu „Słyszę” na ogólnoświatowym konkursie Stockholm Challenge Award '2000 za najlepszy serwis udostępniony w internecie w kategorii „Zdrowie i jakość życia” („Health and Quality of Life”), Sztokholm, Szwecja

• Nominacja do nagrody „Europejski Oskar Multimediów” dla Systemu Powszechnych Badań Słuchu „Słyszę” jako jednego z 25 najlepszych europejskich produktów multimedialnych, przyznana w konkursie Europrix ‘2000 pod patronatem Komisji Europejskiej, podczas Międzynarodowych Targów Książki i Multimediów, Frankfurt, Niemcy

• Wyróżnienie promocyjne „Polski Wynalazek Roku 2000 dla programów badania słuchu i mowy za pośrednictwem internetu” przyznane przez Światową Fundację Zdrowie-Rozum-Serce i Międzynarodową Kapitułę Wyróżnień prof. A. Czyżewskiego i prof. H. Skarżyńskiego, Warszawa

• Nagroda Komitetu Badań Naukowych i telewizyjnego magazynu naukowego „Proton” dla prof. H. Skarżyńskiego za wybitne osiągnięcia naukowe – „Program implantów słuchowych wszczepianych do pnia mózgu w Polsce”, Warszawa

• Nagroda tygodnika „Przegląd” – „Busola2000”dla prof. H. Skarżyńskiego za przywracanie ludziom słuchu i nadzieję na ucieczkę ze świata ciszy, Warszawa