• Dyplom Uznania dla prof. Henryka Skarżyńskiego i dla Zespołu Medycznego Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu z okazji 10-lecia Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu za światowe sukcesy w audiologii, za pionierskie osiągnięcia w przywracaniu słuchu przyznany przez Zarząd Główny Polskiego Towarzystwa Lekarskiego, Warszawa

• Dziesięć lat działalności Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu zostało zwieńczone nagrodzeniem zasłużonych pracowników Instytutu. Przyznano 14 odznaczeń państwowych oraz 26 odznaczeń resortowych – Ministerstwa Zdrowia „Za Zasługi dla Ochrony Zdrowia”. Prof. Henryk Skarżyński otrzymał Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski, a zastępca dyrektora Instytutu Jerzy Mazur Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski. Złoty Krzyż Zasługi otrzymała jedna osoba, srebrne – 9 osób, a brązowe – 2 osoby, Warszawa

• Złoty Medal Akademii Polskiego Sukcesu przyznany Instytutowi Fizjologii i Patologii Słuchu za pionierskie metody i działania w przywracaniu słuchu niepełnosprawnym, Warszawa

• Dyplom Ministerstwa Edukacji i Nauki dla Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu oraz Instytutu Systemów Sterowania za projekt pod nazwą Audiometr skriningowy – Audiometr S, Warszawa

• Solidna Firma 2005 tytuł przyznany Instytutowi Fizjologii i Patologii Słuchu za terminowe regulowanie wszelkich zobowiązań oraz poszanowanie ekologii i praw konsumenta, Warszawa

• „LAUDABILIS” odznaczenie dla profesora Henryka Skarżyńskiego przyznane przez Okręgową Radę Lekarską tytuł „Godny zaufania” za szczególne zasługi na rzecz Samorządu Lekarskiego, Warszawa

• Prof. Henryk Skarżyński nominowany do pierwszej edycji nagród Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego za wybitne osiągnięcia naukowe i naukowo-techniczne w kategorii badań na rzecz rozwoju społeczeństwa, Warszawa

• „Perła Honorowa” – w dziedzinie nauki dla prof. Henryka Skarżyńskiego przyznana przez Kapitułę pod przewodnictwem prof. Janusza Lipkowskiego – wiceprezesa Polskiej Akademii Nauk, Warszawa

• Nominacja do nagrody w konkursie im. Aliny Pienkowskiej 2006 dla profesora Henryka Skarżyńskiego za stworzenie i konsekwentne rozwijanie wzorcowej placówki medycznej, Warszawa

• Kapituła i Organizatorzy Konkursu „Mazowiecka Firma Roku 2005” pod honorowym patronatem Adama Struzika – Marszałka Województwa Mazowieckiego przyznali wyróżnienie w kategorii „Medycyna – Zakłady Lecznictwa Zamkniętego” Instytutowi Fizjologii i Patologii Słuchu, Warszawa

• Kolegium Redakcyjne miesięcznika „Rynek Zdrowia” w plebiscycie „Rynek Zdrowia” przyznało profesorowi Henrykowi Skarżyńskiemu tytuł Lekarza Rynku Zdrowia, Warszawa

• Nagroda główna dla projektu Audiometr przesiewowy „Kuba mikro AS” w X edycji Konkursu „Polski Produkt Przyszłości 2006” w kategorii „Wyrób Przyszłości” opracowanego przez Instytut Fizjologii i Patologii Słuchu oraz Instytut Systemów Sterowania, Warszawa