W dniu 18 listopada 2013 r. w Domu Arcybiskupów Warszawskich, miała miejsce niezwykła uroczystość – wręczenie Medalu Papieskiego Pro Ecclesia et Pontifice Profesorowi Henrykowi Skarżyńskiemu. Uroczystość rozpoczęta podniosłymi słowami Jego Eminencji Księdza Kardynała Kazimierza Nycza Metropolity Warszawskiego, stała się niezmiernie ważnym wydarzeniem nie tylko dla odznaczonego Profesora Henryka Skarżyńskiego, ale także dla całego środowiska medycznego i naukowego.

Wręczając Medal Papieski  Ksiądz Kardynał Kazimierz Nycz powiedział: – Profesor Skarżyński potrafił połączyć w swoim życiu dwa powołania, które dla każdego człowieka świeckiego w Kościele są podstawowe: powołanie człowieka żyjącego w rodzinie, wychowującego swoje dzieci z powołaniem człowieka, który wybrał misję lekarza i na jej drodze osiągnął tak ogromnie dużo, że cała Polska, Europa, świat współpracując – korzysta.  Korzysta z Jego intelektu, wiedzy i mądrości.

W spotkaniu wzięli udział m.in.: podsekretarz stanu w Kancelarii Prezydenta Maciej Klimczak, wiceminister zdrowia Aleksander Sopliński, były Premier RP Józef Oleksy, Prezes Okręgowej Izby Lekarskiej w Warszawie dr Mieczysław Szatanek, Prezes Polskiego Towarzystwa Lekarskiego, prof. Jerzy Woy-Wojciechowski. Uroczystość zgromadziła ponadto wielu innych znamienitych gości ze świata nauki, polityki, przedstawicieli Kościoła, mediów, współpracowników, a także Rodzinę i Przyjaciół.

Józef Oleksy, były Premier RP gratulując jako pierwszy powiedział: Dla mnie odznaczenie Medalem Papieski to dowód na to, że Profesor Skarżyski swoim autorytetem przekroczył już granice wszystkich kontynentów. (…) Jako Jego wieloletni przyjaciel, odbieram Go przede wszystkim przez pryzmat tego jakim jest człowiekiem. A jest niesłychanie otwarty dla innych, uczynny, cierpliwy i gotowy do pracy 24 godziny na dobę, co nie wszystkim jest znane jako cnota.  Jest człowiekiem, który bez przerwy poszukuje nowych rozwiązań, rywalizuje ze światem i ma w tej dziedzinie niesamowite osiągnięcia.

Przyznanie tego wyjątkowego odznaczenia Profesorowi Skarżyńskiemu to wyraz dostrzeżenia i akceptacji idei, która służy ludziom, służy człowiekowi, poprawie codziennej komunikacji międzyludzkiej, a dzięki realizacji której setki tysiące małych i dużych pacjentów zostało przez Profesora Skarżyńskiego przywróconych do świata dźwięków. Prof. Jerzy Woy-Wojciechowski gratulując, powiedział:  Nasz Przyjaciel, Profesor Skarżyński, jest wybitnym lekarzem i cudownym, dobrym człowiekiem. Zawód lekarza jest zarówno sztuką, jak służbą dla drugiego człowieka z największą wiedzą do końca życia uzupełnianą.(…) To co wyróżnia Profesora Skarżyńskiego to to, że prawdziwy lekarz, podobnie jak duchowny, musi mieć powołanie do służenia człowiekowi. Te wszystkie cechy ma Profesor Skarżyński.

Medal Papieski przyznany został Profesorowi Skarżyńskiemu, jako dowód uznania oraz zaangażowania w pracę na rzecz człowieka i dobra wspólnego. To właśnie to szczególne zaangażowanie Profesora Skarżyńskiego w działanie na rzecz dobra znalazło największe uznanie w gratulacjach Prezesa Okręgowej Izby Lekarskiej w Warszawie dr Mieczysława Szatanka: (…) Profesor Skarżyński przywraca nie tylko słuch. Przywraca możliwość kontaktu z otoczeniem, rozwoju osobowości, a przede wszystkim możliwość pełnego życia w społeczeństwie. I to jest dużo szerszy wymiar Jego działalności niż tylko leczenie chorych. (…)

Maciej Klimczak, Podsekretarz Stanu w Kancelarii Prezydenta RP także wspomniał o pacjentach: miałem okazję obserwować prof. Henryka Skarżyńskiego przy pracy i słuchać, z jakim zachwytem mówią o nim pacjenci. Oby takich ludzi jak Profesor było więcej w naszej medycynie.  

Nie tylko działalność na rzecz pacjentów została wyróżniona Medalem Papieskim. Szczególne słowa uznania dla działalności organizacyjnej Profesora zostały wypowiedziane przez Podsekretarza Stanu w Ministerstwie Zdrowia Aleksandra Soplińskiego: (…) Pan Profesor jest twórcą – stworzył coś niebywałego w warunkach polskich. Coś takiego co rozsławia polską medycynę i polską myśl naukową, polskie innowacje dla służby zdrowia na całym świecie. (…) Dlatego życzę, aby Panu nie przeszkadzano – niech Pan tworzy dalej!

W imieniu pacjentów – zarówno tych najmłodszych jak i dorosłych – serdecznie dziękował Ks. Biskup Tadeusz Pikus: Za pomoc jaką Pan Profesor udziela ludziom, czasami w sytuacji beznadziejnej albo bardzo trudnej – bardzo dziękuję. (…)

Część oficjalną zakończyło wystąpienie Profesora Henryka Skarżyńskiego który, dziękując serdecznie za tak liczną obecność swoich Gości pożegnał ich specjalnie na tę okazję przygotowanym słowami:

„Gdy widzisz,
gdy czujesz,
gdy słyszysz wokoło,
to znaczy, że masz sprawne zmysły.
Ciesz się,
że przyjaciół tylu tworzy koło,
z którymi możesz dzielić ten dzień –  i dzień przyszły”.