„Konsyliarz Roku 2005” tytuł dla profesora Henryka Skarżyńskiego za udowodnienie, że w polskich warunkach możliwe jest stworzenie ośrodka klinicznego wyznaczającego najwyższe światowe standardy w dziedzinie technik implantacyjnych przyznany przez Magazyn Lekarzy KONSYLIARZ, Warszawa
Dyplom Uznania dla prof. Henryka Skarżyńskiego i dla Zespołu Medycznego Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu z okazji 10-lecia Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu za światowe sukcesy w audiologii, za pionierskie osiągnięcia w przywracaniu słuchu przyznany przez Zarząd Główny Polskiego Towarzystwa Lekarskiego, Warszawa
Dziesięć lat działalności Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu zostało zwieńczone nagrodzeniem zasłużonych pracowników Instytutu. Przyznano 14 odznaczeń państwowych oraz 26 odznaczeń resortowych – Ministerstwa Zdrowia „Za Zasługi dla Ochrony Zdrowia”. Prof. Henryk Skarżyński otrzymał Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski, a zastępca dyrektora Instytutu Jerzy Mazur Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski. Złoty Krzyż Zasługi otrzymała jedna osoba, srebrne – 9 osób, a brązowe – 2 osoby, Warszawa
Złoty Medal Akademii Polskiego Sukcesu przyznany Instytutowi Fizjologii i Patologii Słuchu za pionierskie metody i działania w przywracaniu słuchu niepełnosprawnym, Warszawa
Dyplom Ministerstwa Edukacji i Nauki dla Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu oraz Instytutu Systemów Sterowania za projekt pod nazwą Audiometr skriningowy – Audiometr S, Warszawa
Solidna Firma 2005 tytuł przyznany Instytutowi Fizjologii i Patologii Słuchu za terminowe regulowanie wszelkich zobowiązań oraz poszanowanie ekologii i praw konsumenta, Warszawa
„LAUDABILIS” odznaczenie dla profesora Henryka Skarżyńskiego przyznane przez Okręgową Radę Lekarską tytuł „Godny zaufania” za szczególne zasługi na rzecz Samorządu Lekarskiego, Warszawa
Prof. Henryk Skarżyński nominowany do pierwszej edycji nagród Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego za wybitne osiągnięcia naukowe i naukowo-techniczne w kategorii badań na rzecz rozwoju społeczeństwa, Warszawa
„Perła Honorowa” – w dziedzinie nauki dla prof. Henryka Skarżyńskiego przyznana przez Kapitułę pod przewodnictwem prof. Janusza Lipkowskiego – wiceprezesa Polskiej Akademii Nauk, Warszawa
Nominacja do nagrody w konkursie im. Aliny Pienkowskiej 2006 dla profesora Henryka Skarżyńskiego za stworzenie i konsekwentne rozwijanie wzorcowej placówki medycznej, Warszawa
Kapituła i Organizatorzy Konkursu „Mazowiecka Firma Roku 2005” pod honorowym patronatem Adama Struzika – Marszałka Województwa Mazowieckiego przyznali wyróżnienie w kategorii „Medycyna – Zakłady Lecznictwa Zamkniętego” Instytutowi Fizjologii i Patologii Słuchu, Warszawa
Kolegium Redakcyjne miesięcznika „Rynek Zdrowia” w plebiscycie „Rynek Zdrowia” przyznało profesorowi Henrykowi Skarżyńskiemu tytuł Lekarza Rynku Zdrowia, Warszawa
Nagroda główna dla projektu Audiometr przesiewowy „Kuba mikro AS” w X edycji Konkursu „Polski Produkt Przyszłości 2006” w kategorii „Wyrób Przyszłości” opracowanego przez Instytut Fizjologii i Patologii Słuchu oraz Instytut Systemów Sterowania, Warszawa
