Spośród 963 jednostek naukowo-badawczych ocenionych przez Komitet Ewaluacji Jednostek Naukowych za efekty działalności naukowej i badawczo-rozwojowej w latach 2009-2012, Komitet po raz pierwszy w historii nauki polskiej wyłonił 37 najlepszych jednostek, które zostały zakwalifikowane do kategorii „A+”. W tym wąskim gronie, w którym zabrakło znanych wydziałów lekarskich, znalazły się tylko dwa medyczne instytuty badawcze: Instytut Fizjologii i Patologii Słuchu oraz Instytut „Pomnik – Centrum Zdrowia Dziecka”. Jednocześnie obie jednostki są jedynymi wśród instytutów resortowych, które otrzymały tak wysoką ocenę.
Komitet oceniał każdą jednostkę, stosując cztery kryteria: osiągnięcia naukowe i twórcze, potencjał naukowy, materialne efekty działalności naukowej, pozostałe efekty działalności naukowej. Instytut Fizjologii i Patologii Słuchu został najlepiej oceniony między innymi za materialne efekty działalności naukowej – wynikiem 324,82 Instytut zdeklasował pozostałe jednostki naukowo-badawcze znajdujące się w wykazie.
Otrzymanie przez Instytut Fizjologii i Patologii Słuchu najwyższej kategorii potwierdza nie tylko fakt, że jest to jedna najlepiej zarządzanych placówek tego typu w kraju (być może to jedyny z 16 instytutów badawczych podległych Ministerstwu Zdrowia, który nigdy nie był zadłużony). Uznanie członków Komitetu wzbudziło także 28 tytułów: doktora habilitowanego, doktora nauk medycznych, nauk o zdrowiu i nauk humanistycznych, 60 –70 operacji poprawiających słuch dziennie, organizacja 169 konferencji i warsztatów naukowych, 1 295 naukowych publikacji polskich i zagranicznych, 4 858 referatów i wystąpień na konferencjach polskich i zagranicznych, ponad 300 nagród i wyróżnień, co stanowi zaledwie niewielki fragment dorobku naukowego, klinicznego, organizacyjnego i medycznego zgromadzonego przez prof. Henryka Skarżyńskiego i zespół najmłodszego instytutu resortowego w obszarze zdrowia.
W ciągu 17 lat działalności Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu znacząco wzrosła liczba procedur operacyjnych z około 1 000 do ponad 18 000, a także liczba udzielanych porad, konsultacji i badań z kilku tysięcy do ponad 200 000 rocznie. W ciągu kilkunastu lat realizacji programu leczenia całkowitej i częściowej głuchoty przeprowadzono blisko 4 000 operacji wszczepienia implantów słuchowych, zrealizowane zostały liczne projekty, pionierskie programy naukowe i kliniczne, których wyniki miały wpływ na politykę zdrowotną państwa oraz wyznaczyły nowe standardy postępowania terapeutycznego osób z wadami słuchu w naszym kraju i na świecie.